Протокол про збереження біорізноманіття та ландшафтів Чорного моря до Конвенції про захист Чорного моря від забруднення також містить додатки з переліками видів, територій та заходів для їх збереження:
Додаток 1 "Території, що охороняються";
Додаток 2 "Тимчасовий перелік видів, що мають важливе значення для Чорного моря";
Додаток 3 "Збереження видів та управління їхніми середовищами існування";
Додаток 4 "Список видів, використання яких підлягає регулюванню Протоколом про збереження біорізноманіття та ландшафтів Чорного моря".
